Saat ini, Institut Agama Islam Ngawi memiliki 7 Program Studi yang terbagi dalam 3 Fakultas. Yaitu program studi Manajemen Pendidikan Islam, Pendidikan Islam Anak Usia Dini, Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah, Ahwal Al-Syakhsyiyah/Hukum Keluarga Islam, Ekonomi Syari’ah serta Perbankan Syari’ah yang dikembangkan sesuai dengan kompetensi bidang ilmu untuk menghadapi era global.